Cabe ao Centro de Controle Interno comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e eficiência e economicidade do Ministério Público do Estado de São Paulo. Está Incubido de prestar apoio técnico ao Gabinete da Diretoria Geral, quando solicitado. Realiza a interlocução junto aos Órgãos de Controles Externos, tais quais Tribunal de Contas do Estado, Conselho Nacional do Ministério Público e Secretaria do Tesouro Nacional; realiza auditorias, inspeções, visitas, exames e outros procedimentos relativos ao controle interno, comunicando o resultado ao Diretor-Geral com proposição das medidas ou providências cabíveis quanto a eventuais atos e fatos irregulares; propõe a melhoria ou implantação de sistemas apoiados em tecnologia da informação, com o objetivo de aprimorar os controles internos, agilizar as rotinas e melhorar o nível das informações; monitora a prestação de contas anual junto ao Tribunal de Contas do Estado de São Paulo; acompanha a implementação de eventuais recomendações apresentadas pelos órgãos de controle externo; verifica e avaliação os resultados quanto à eficiência e eficácia da gestão orçamentária e financeira e patrimonial da Instituição; e define prazos e procedimentos para a regularização das eventuais divergências.