Denunciadas pelo Ministério Público de São Paulo por meio da Promotoria de Justiça do Patrimônio Público e Social da Capital, nove pessoas se tornaram rés em ação por improbidade administrativa. Entre elas estão o presidente do Metrô, Paulo Menezes de Figueiredo, o secretário de Transportes Metropolitanos e ex-presidente do Metrô, Clodoaldo Pelissioni, os também ex-presidentes do Metrô Jorge José Fagali, Peter Berkely Bardram Walker, Luiz Antonio Carvalho Pacheco e Sérgio Henrique Passos Avelleda (que atualmente ocupa o cargo de chefe gabinete da Prefeitura de São Paulo), além do ex-secretário de Transportes Metropolitanos Jurandir Fernando Ribeiro Fernandes e dos ex-executivos do governo do Estado de São Paulo Laércio Mauro Santoro Biazzotti e David Turbuk.
De acordo com a petição inicial, apresentada pelo promotor de Justiça Marcelo Milani, os réus são responsáveis pela compra de 26 trens, com seis carros cada um, destinados à linha 5 - Lilás do Metrô. Após aditivos, a aquisição saiu por mais de R$ 615 milhões. As composições, no entanto, não podiam ser usados diante dos recorrentes atrasos para que a linha entrasse em funcionamento. A Promotoria afirma que o primeiro trecho da linha Lilás foi assumido pelo Metrô em 2001 e inaugurado em 2002, mas entrando em operação comercial apenas em 2008. Após uma paralisação de seis anos, as obras no restante da linha foram retomadas em 2009. Pouco depois, em 2010, os trabalhos foram paralisados, recomeçando em 2011. Na verdade, (...) as escavações somente foram retomadas em 2013, com previsão de encerramento para 2014 e, ao depois, prorrogadas para 2018. A Estação Adolfo Pinheiro, com previsão de entrega para 2022, foi inaugurada em 2014.
Apesar da paralisação das obras em 2010, o Metrô manteve a compra dos 26 trens, "sem qualquer explicação aparente". Para o MPSP, os responsáveis pela compra assumiram o risco de causar danos aos cofres públicos, uma vez que, sem o término das obras, as composições sequer podiam ser submetidos a testes. Sem uso, os trens foram espalhados por diversos locais, chegando a ser alvos de vandalismo.
O Ministério Público afirma que, assim, os réus feriram o princípio da eficiência, pois não seria razoável o prazo de 20 anos para o fim da construção da liha 5 - Lilás. Em relação aos denunciados que ocuparam a presidência do Metrô após a compra, a Promotoria frisa que a responsabilidade deles decorre da omissão, diante do "descalabro administrativo" da situação narrada na petição inicial.
Em fevereiro deste ano, Avelleda foi condenado por improbidade administrativa por fraude no processo da licitação da linha 5-Lilás, após acordo inédito de colaboração celebrado entre a construtora Camargo Corrêa e o Ministério Público de São Paulo, com intermediação de Milani. Pelos termos do acordo, o consórcio formado por 12 empresas, entre elas OAS, Mendes Júnior, Andrade Gutierrez, Galvão Engenharia, terá que pagar multa de R$ 326 milhões, com correção desde 2011.
